1989年，自治区科协、自治区科技厅、自治区人事厅联合设立“新疆维吾尔自治区自然科学优秀学术论文奖”，奖项由自治区科协具体承办，每两年评选一次。评选工作办公室设在自治区科学技术协会学会学术部（国际部）。截止到2023年，自治区自然科学优秀学术论文评选已连续进行了十六届，累计评出获奖优秀论文4003篇。