新疆青年科技奖设立于2002年，由自治区党委组织部、自治区人力资源和社会保障厅、共青团新疆维吾尔自治区委员会、自治区科学技术协会共同组织实施，自治区科协具体承办，评奖委员会办公室设在自治区科协学会学术部（国际部）。重点奖励为自治区经济建设、社会发展和科技进步做出突出贡献的40周岁以下（女性45周岁以下）的优秀青年科技工作者。新疆青年科技奖每两年评选一届，每届授奖不超过20名。截止目前已组织实施了十一届评选，共评选218名新疆青年科技奖获得者。